1.15 HSP90-6sys-SMD

输入文件

85.9 /home/databank/zzy/project/smd/hsp90/comparable-sys/29273709-5Jxx/smd/6sys-npt_top
for i in `cat index`;do mkdir -p $i;cp ../../pre-bal/$i/npt/npt.gro ./$i;cp ../../sys-pre/tleap/$i/gmx/topol.top ./$i/gmx.top;done


# 删除 top 文件中 posre2.itp 对应的那几行，posre1改为posre
 

constant force

# 85.9 /home/databank/zzy/project/smd/hsp90/comparable-sys/29273709-5Jxx/smd/constant-force


# gmx2024 
export OMP_NUM_THREADS=5
export CUDA_VISIBLE_DEVICES=1
export OMP_NUM_THREADS=100


cp -r ../6sys-npt_top/5j* ./


# 第一次测试发现
# 需要设置pbc
# 进一步测试发现，设置pbc atom（ALA55 上的CB 629号原子），该原子与pull group1也就是关键氨基酸中部分原子距离仍然超过了盒子大小一半
# 根据gmx 提示，设置pull-pbc-ref-prev-step-com = yes 可以进行模拟


# 由此引发进一步思考，是否可以将pull group1设置为4个氢键相关的原子？
原始pdb的cv:r51|r58|r93|r97
tleap后重新编号的：r36|r43|r78|r82



# 果然，是因为氨基酸没选对，选择正确的氨基酸后，不需要设置pbc-atom就跑通了

k_diff

85.9 /home/databank/zzy/project/smd/hsp90/comparable-sys/29273709-5Jxx/smd/constant-force/k_diff
# 2025-1-15 12:00 交了k=1000/500两个任务


# 检查轨迹
# /home/databank/zzy/project/smd/hsp90/comparable-sys/29273709-5Jxx/smd/constant-force/k_diff/check
gmx_mpi trjconv -s ../1000/5j20/1/smd.tpr -f ../1000/5j20/1/smd.xtc -n index.ndx -o check.pdb -pbc mol -ur compact
# 配体被正常拉出去了


source ~/zzy/gmx2024.4-gpu.sh
export OMP_NUM_THREADS=5
export CUDA_VISIBLE_DEVICES=1
# 提交k=750,250的任务


# 2025-1-16 由于v100磁盘空间满了，所以任务中断，计划手动提交 5j86 3,4,5任务，脚本提交5j9x 1-5
# /home/databank/zzy/project/smd/hsp90/comparable-sys/29273709-5Jxx/smd/constant-force/k_diff/250/5j86/3
nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm smd -cpi smd.cpt &

umbrella

# 85.9 /home/databank/zzy/project/smd/hsp90/comparable-sys/29273709-5Jxx/smd/umbrella
scp dddc@172.21.85.23:/home/databank_70t/zzy/project/koff/smd/hsp90/2024-12-test/test1/smd.mdp ./
cp ../constant-force/k_diff/1000/smd.sh ./
cp ../constant-force/index ./


source ~/zzy/gmx2024.4-gpu.sh
export OMP_NUM_THREADS=10
export CUDA_VISIBLE_DEVICES=2


# 根据生成tpr的时候Note，参数做了修改：
1. 根据 nstcomm < nstcalcenergy defeats the purpose of nstcalcenergy, consider setting nstcomm equal to nstcalcenergy for less overhead
  修改 nstcomm 与 nstcalcenergy一致，都为1000
2. 根据 You are using pressure coupling with absolute position restraints, this will give artifacts. Use the refcoord_scaling option.与 请教mdp里的refcoord-scaling和continuation - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社 添加refcoord-scaling = com
# 备注：这套参数里压力耦合用的是 C-rescale算法，恒力smd用的是 Parrinello-Rahman


# 任务提交
(base) [chpeng@localhost umbrella]$ nohup bash smd.sh &
[1] 164822