dddc服务器安装gromacs2020.2 amber20

GROMACS2020

先安装cmake (最低版本要求3.9.6）

Download | CMake   对应版本的源码

tar -zvxf cmake-3.21.4.tar.gzcd cmake-3.21.4./bootstrap./configure --prefix=/home/dddc/software/cmake3.21.4/           !!!注意，要在自己用户名下的目录配置，如果不加--prefix会默认在root目录下配置，这样后面make install时没有sudo权限会失败makemake install

openmpi (需要1.6以上)和gcc g++（需要5以上），系统自带的版本太低了，需要在conda环境下自己装一个，编译时加入绝对路径

conda create -n gcc8

conda activate gcc8

conda install -c anaconda gcc_linux-64=8.4.0 gxx_linux-64=8.4.0

conda install openmpi

将openmpi和lib写入环境变量

conda deactivate

/home/dddc/software/cmake3.21.4/bin/cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/dddc/software/gmx2020.2 -DGMX_SIMD=SSE2 -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=on -DGMX_MPI=on -DCMAKE_C_COMPILER=/home/dddc/anaconda3/envs/gcc8/bin/mpicc -DCMAKE_CXX_COMPILER=/home/dddc/anaconda3/envs/gcc8/bin/mpicxx

-DGMX_SIMD参数需要根据硬件改，具体可根据installation guide进行尝试

AMBER20  先编译串行版本，再编译并行版本

tar -xvjf Amber20.tar.bz2

tar -xvjf AmberTools21.tar.bz2

cd amber20_src/build

PATH="/home/dddc/software/cmake3.21.4/bin/":$PATH ./run_cmake

make install -j 24

必须要2以上的openmpi版本,从https://www.open-mpi.org/software/ompi/v4.1/ 下载 openmpi-4.0.3.tar.bz2 解压至/home/jawang/software/amber20_src/AmberTools/src

tar -xvjf openmpi-4.0.0.tar.bz2 

./configure_openmpi -np 24 gnu （这个configure步骤会跳到openmpi版本的目录下，执行那个configure, 里面有make install这一步。编译好了的话，对应的amber20/bin下面会出现mpicc mpicxx)

cd amber20_src/build

./clean_make

修改run_make 里面的-DMPI参数为TRUE

PATH="/home/dddc/software/cmake3.21.4/bin/":$PATH ./run_cmake

make install -j 24