amber安装-来自彭诚师兄 

  • tar -xvjf Amber20.tar.bz2
    • 

  • tar -xvjf AmberTools21.tar.bz2
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  • cd amber20_src
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  • export AMBERHOME=/home/jawang/software/amber20_src
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  • ./configure intel        
1. 面临intel过期的问题，重新下载学术版intel； tar -zxvf parallel_studio_xe_2017_update8.tgz
解压后直接sh install.sh
2. 安装moniconda时报错“无法建立SSL连接” 原因是服务器一时连不上网了；尝试在Ambertools目录底下src目录中的configue_python文件中修改wget 后面加 --no-check-certificate 依然没有用，但过一段时间服务器自己就好了
 make install -j 12        
必须要2以上的openmpi版本,从https://www.open-mpi.org/software/ompi/v4.1/ 下载 openmpi-4.0.0.tar.bz2 解压至/home/jawang/software/amber20_src/AmberTools/src
  • tar -xvjf openmpi-4.0.0.tar.bz2 
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  • ./configure_openmpi intel 
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  • make install -j 16
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  • which mpirun
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  • cd amber20_src
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  • ./configure -mpi intel
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  • make install -j 16
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  • ./configure -cuda intel
    • 

  • make install -j 16
    • 

  • ./configure -cuda -mpi intel
    • 

  • make install -j 16