D3pockets移植及测试
配置在cpu256（dddc）上
主要是配置环境，安装相应的包
安装requirements.txt里面的要求安装相应的包。其他的包安装时版本都是参考的205上的配置
有些包用conda装不上，后面用pip装
- conda create -n D3pockets python=2.7.14 biopython=1.71 cycler=0.10.0 enum34=1.1.6 kiwisolver=1.0.1 numpy=1.14.2 Pillow=5.1.0 pyparsing=2.2.0 python-dateutil=2.7.2 pytz=2018.4 scipy=1.0.1 six=1.11.0 subprocess32=3.2.7
- conda activate D3pockets
- pip install backports.functools-lru-cache==1.5 enum==0.4.6 pyclustering==0.8.0 matplotlib==2.2.2
- pip install fire==0.1.3
- pip install nested_dict==1.61
- pip install networkx==2.1
- pip install mdtraj==1.9.3
运行测试的时候缺什么装什么。
很多包直接用conda和pip都装不上，所以到conda-forge (Google conda加上相应包的名称就能搜索到）上下载相应版本的压缩包（相应的安装包附件在下面），再用conda安装
- conda install --use-local pymol-2.2.0-py27hf484d3e_0.tar.bz2
- conda install --use-local glew-2.0.0-0.tar.bz2
- conda install --use-local pyqt-5.6.0-py27h22d08a2_6.tar.bz2
- conda install --use-local sip-4.18.1-py27hf484d3e_2.tar.bz2
测试运行时报错
- numpy.ufunc size changed, may indicate binary incompatibility. Expected 216 from C header, got 192 from PyObject
猜测是numpy版本的问题，升级之后解决
- pip install --upgrade numpy
import sip模块的时候报错
不过好像不影响运行，这个包是在pymol安装的时候需要的
把205服务器上的sip.so文件复制到相应的文件夹下面就好了！
测试时需要修改test 文件夹下D3Pockets_MD_Script.sh中相应的路径
已解决的bug
并且核数大于30的时候就会出现资源暂时不可用的错误，怀疑是服务器本身的设置所致
解决方案，每次运行之前，export OMP_NUM_THREADS=1
发现的问题（已解决）
clu_byresi_result.txt 文件不一样
clu*_clu*_commonPkts.txt 文件不一样，运行的结果就不一样
clusterpkt_resid.py文件
经测试，如果此处聚类结果不同，那口袋相关性的结果就不同，如果相同则口袋相关性的结果相同
- pktatmfiles = glob("output_clu_*_atm.pdb") #glob模块用来查找文件目录和文件，并将搜索的到的结果返回到一个列表中，此处glob的输出顺序会影响后续根据口袋残基聚类的结果！！
- cluster_all={}
- cluster_current=[]
- for pktatmf in pktatmfiles: #遍历output_clu_*_atm.pdb，如果最大共有残基比例大于0.5，就归到那个与之具有最大共有残基的cluster中，如果不是就新列为一个cluster，遍历的顺序就是上述glob输出的顺序
为何遍历顺序不一样，最后的聚类结果就不一样，口袋残基聚类逻辑上可能有点问题？
为何205服务器上glob的顺序能够重复，而dddc服务器上的不能重复，两个glob搜索文件的底层逻辑有何不同？？
看两个文件是否完全一样（包括空格），算md5值
- for i in
`ls`;do a=`md5sum $i |awk '{print $1}'`;b=`md5sum "/home/dddc/software/D3Pockets_WEB_UCB/test3_numpy1.16.2-2/workspace-2/conformations/output/$i" | awk '{print $1}'`;if [ "$a" = "$b" ];then echo 1;else echo 0;fi;done
使用方法
修改D3Pockets_MD_Script.sh文件的名称
- conda activate D3pockets
- nohup bash D3Pockets_MD_Script.sh &