gmx_MMPBSA的安装及使用

221服务器上安装的是1.4.3版本
具体需要的环境见官网https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/installation/
因为需要的ambertools版本较高,所以安装的时候是在amber_20的环境下安装的
安装之前，环境变量里的amber版本一定要改成20
  • ./amber20_src/miniconda/bin/python3 -m pip install gmx-mmpbsa
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  • vi ~/.bashrc
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  • export PATH="/path_to_amber_install/amber20/miniconda/bin:$PATH" 加入环境变量
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  • source ~/.bashrc
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由于该版本里面的mpi与gmx_mpi不兼容，而脚本运行时需要用到gmx，所以需要重新编译一个非mpi的gmx并且加入环境变量，便于脚本运行时查找
MPI运行示例
  • mpirun -np 10 gmx_MMPBSA MPI -O -i ie.in -ci index.ndx -cg 10 11 -cp native_noglycan.top -ct md-noglycan-100-400.pdb -cs look.pdb
              
具体的参数信息见官网  https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/input_file/#the-input-file