gmx_mpi plumed版本安装

先安装plumed

只有plumed2才支持gromacs-2019.6

安装之前最好看一下plumed支持的软件版本（看看官网？）

unzip plumed2-master.zip

cd plumed2-master

./configure --prefix=安装路径 CC=mpicc CXX=mpicxx

make -j 4

make install

将库文件以及路径写入环境变量

vi ~/.bashrc

export LD_LIBRARY_PATH=/home/chpeng/software/plumed2-zlp/lib:${LD_LIBRARY_PATH}

export PATH=/home/chpeng/software/plumed2-zlp/bin/:$PATH

source ~/.bashrc

安装gromacs

在/home/chpeng/software/gromacs-2019.6 文件夹下（源代码文件夹）

plumed-patch -p 然后选择对应的版本

mkdir build

cd build

cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/chpeng/software/gmx2019-plumed -DGMX_SIMD=AVX_256 -DGMX_GPU=on -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=on -DGMX_MPI=on

make install -j 8

将对应的库文件写入环境变量

vi ~/.bashrc

export LD_LIBRARY_PATH=/home/chpeng/software/gmx2019-plumed/lib64:${LD_LIBRARY_PATH}

source ~ ./bashrc

一定要把库文件写入环境变量，要不然会报找不到库文件的错误！（写一下source GMXRC 是否可以？）

如果报 symbol lookup error: /home/jawang/software/gmx514-plumed/bin/gmx_mpi: undefined symbol: plumedcmd

ldd ./gmx_mpi | grep plumed #找链接库

nm -D /home/chpeng/software/plumed2.5.1/lib/libplumed.so | grep plumed_hrex #在库文件中找是否这个链接，如果没有就得取其他的库文件中找，找到后加入环境变量中