pymol选择器

操作符大全

通用

$\begin{array}[b] {|c|c|} \hline 操作符 & 别名 & 释义 \\ \hline all & * & 当前加载到PyMOL中的所有原子 \\ \hline none & & 空选 \\ \hline enabled & & 处于enabled状态下的对象的原子 \\ \hline \end{array}\\$

已命名选择

$\begin{array}[b] {|c|c|} \hline 操作符 & 别名 & 释义 \\ \hline sele & & 已命名选择或对象"sele"，前提是它与另一个运算符的名称不冲突 \\ \hline \%sele & & 已命名选择或对象"sele"(推荐，避免歧义) \\ \hline ?sele & & 已命名选择或对象"sele"，如果"sele"不存在，则空选 \\ \hline \end{array}\\$

逻辑

$\begin{array}[b] {|c|c|} \hline 操作符 & 别名 & 释义 \\ \hline not\ S1 & ! & 反转选择 \\ \hline S1\ and\ S2 & \& & S1和S2都包含的原子 \\ \hline S1\ or\ S2 & | & S1或S2包含的原子 \\ \hline S1\ S2 & & 隐式的or \\ \hline S1\ and\ (S2\ or\ S3) & & 括号控制优先级 \\ \hline first\ S1 & & S1中的第一个原子(单原子选择) \\ \hline last\ S1 & & S1中的最后一个原子(单原子选择) \\ \hline \end{array}\\$

标识符

$\begin{array}[b] {|c|c|} \hline 操作符 & 别名 & 释义 \\ \hline model\ 1ubq & m. & 对象“1ubq”的原子 \\ \hline chain\ C & c. & 链标识符“C” \\ \hline segi\ S & s. & 片段标识符“S”(mmCIF的label\_asym\_id) \\ \hline resn\ ALA & r. & 残基名“ALA” \\ \hline resi\ 100-200 & i. & 残基号100到200 \\ \hline name\ CA & n. & 原子名“CA” \\ \hline alt\ A & & 备用位置“A” \\\hline index\ 123 & idx. & 内部每个对象的原子索引(随sorting而变化) \\ \hline id\ 123 & & PDB文件的ID列 \\ \hline rank\ 123 & & 加载时按对象的原子索引 \\\hline pepseq\ ACDEF & ps. & 单字码“ACDEF”的蛋白序列 \\ \hline label\ “Hello\ World” & & 标签“Hello\ World”的原子(PyMOL\ 1.9\ 新增) \\ \hline \end{array}\\$

hetatm 非蛋白质本体

标识符匹配

$\begin{array}[b] {|c|c|} \hline 操作符 & 别名 & 释义 \\ \hline S1\ in\ S2 & & S1中，标识符resi，resn，chain和segi均与S2中的原子匹配的原子 \\ \hline S1\ like\ S2 & & S1中，标识符resi与S2中原子匹配的原子 \\ \hline \end{array}\\$

实体扩展

注意：所有“ by-”运算符的优先级均较低，因此 (byres S1 or S2) 实际上相当于 (byres (S1 or S2))，而非 ((byres S1) or S2)

$\begin{array}[b] {|c|c|} \hline 操作符 & 别名 & 释义 \\ \hline byobject\ S1 & bo. & 扩展S1至完整对象(object) \\ \hline bysegi\ S1 & bs. & 扩展S1至完整片段(segment) \\ \hline bychain\ S1 & bc. & 扩展S1至完整链(chain) \\ \hline byres\ S1 & br. & 扩展S1至完整残基(residue) \\ \hline bycalpha\ S1 & bca. & 满足以下条件的残基的CA原子:该残基至少有一个原子在S1中 \\ \hline bymolecule\ S1 & bm. & 扩展S1至完整分子(通过键相连) \\ \hline byfragment\ S1 & bf. & (Supernova补)\ 扩展S1至完整片段(fragment) \\ \hline byring\ S1 & & 所有尺寸≤7且在S1中至少具有一个原子的环(PyMOL\ 1.8.2中的新功能) \\ \hline bycell\ S1 & & 将选择部分扩展为整个cell \\ \hline \end{array}\\$

键扩展

$\begin{array}[b] {|c|c|} \hline 操作符 & 别名 & 释义 \\ \hline bound\_to\ S1 & bto. & 直接键连到S1的原子，可能包含S1 \\ \hline neighbour\ S1 & nbr. & 直接键连到S1的原子，排除S1 \\ \hline S1\ extend\ 3 & xt. & 将S1通过键连关系延伸3个键 \\ \hline \end{array}\\$

距离

$\begin{array}[b] {|c|c|} \hline 操作符 & 别名 & 释义 \\ \hline S1\ within\ 12.3\ of\ S2 & w. & S1中的原子，满足:与S2中任何原子的距离在12.3埃范围内 \\ \hline S1\ around\ 12.3 & a. & 原子，满足:位于S1中任何原子的12.3埃范围内 \\ \hline S1\ expand\ 12.3 & x. & 扩展S1，新增原子满足:距离S1中任何原子12.3埃以内 \\ \hline S1\ gap\ 1.2 & & 原子，满足:其VDW半径与S1的VDW半径的最近距离大于1.2埃 \\ \hline S1\ near\_to\ 12.3\ of\ S2 & nto. & 与within相同，但不包括S2(等价于S1\ and\ S2\ around\ 12.3) \\ \hline S1\ beyond\ 12.3\ of\ S2 & be. & S1中的原子，满足:至少距离S2中的原子12.3埃 \\ \hline \end{array}\\$

属性

$\begin{array}[b] {|c|c|} \hline 操作符 & 别名 & 释义 \\ \hline partial\_charge\ <\ 1.2 & pc. & \\ \hline formal\_charge\ =\ 1 & fc. & \\ \hline b\ <\ 100.0 & & B-因子小于100.0 \\ \hline q\ <\ 1.0 & & 占有率小于1.0 \\ \hline ss\ H+S & & 二级结构为H(helix)或S(sheet)的原子 \\ \hline elem\ C & e. & C(carbon)元素的原子 \\ \hline p.foo\ =\ 12 & & \\ \hline p.foo\ <\ 12.3 & & \\ \hline p.foo\ in\ 12+34 & & \\ \hline stereo\ R & & 手性R/S立体中心的标签为R(只在商业版PyMOL\ 1.4-1.8有效) \\ \hline \end{array}\\$

标识

$\begin{array}[b] {|c|c|} \hline 操作符 & 别名 & 释义 \\ \hline bonded & & 至少成一个键的原子 \\ \hline protected & & 保护状态 \\ \hline fixed & fxd. & fixed\ 标识 \\ \hline restained & rst. & restained\ 标识 \\ \hline masked & msk. & mask\ 标识 \\ \hline flag\ 25 & f. & 标识25的原子 \\ \hline \end{array}\\$

化学分类

$\begin{array}[b] {|c|c|} \hline 操作符 & 别名 & 释义 \\ \hline organic & org. & 非聚合物有机化合物(e.g.\ 配体，缓冲剂) \\ \hline inorganic & ino. & 非聚合物无机原子/离子 \\ \hline solvent & sol. & 水分子 \\ \hline polymer & pol. & 蛋白质或核酸 \\ \hline polymer.protein & & 蛋白(PyMOL\ 2.1新功能) \\ \hline polymer.nucleic & & 核酸(PyMOL\ 2.1新功能) \\ \hline guide & & 蛋白的CA与核酸的C4^*/C4' \\ \hline hetatm & & 根据PDB的HETATM记录加载的原子\\ \hline hydrogens & h. & 氢原子 \\ \hline backbone & bb. & 聚合物主链原子(PyMOL\ 1.6.1新功能) \\ \hline sidechain & sc. & 聚合物非主链原子(PyMOL\ 1.6.1新功能) \\ \hline metals & & 金属原子(PyMOL\ 1.6.1新功能) \\ \hline donors & don. & 氢键供体原子 \\ \hline acceptors & acc. & 氢键受体原子 \\ \hline \end{array}\\$

样式

$\begin{array}[b] {|c|c|} \hline 操作符 & 别名 & 释义 \\ \hline visible & v. & 已启用对象中的原子，且至少有一种可见表示形式 \\ \hline rep\ cartoon & & 以卡通形式表示的原子 \\ \hline color\ blue & & 原子颜色为blue的原子(通过color\ index) \\ \hline cartoon\_color\ blue & & 原子水平cartoon\_color为蓝色的原子(通过color\ index) \\ \hline ribbon\_color\ blue & & 原子水平ribbon\_color为蓝色的原子(通过color\ index) \\ \hline \end{array}\\$

非分子

$\begin{array}[b] {|c|c|} \hline 操作符 & 别名 & 释义 \\ \hline center & & 场景中心的伪原子 \\ \hline origin & & 旋转中心的伪原子 \\ \hline \end{array}\\$

坐标轴

$\begin{array}[b] {|c|c|} \hline 操作符 & 别名 & 释义 \\ \hline state\ 123 & & 坐标为状态123的原子 \\ \hline present & pr. & 当前坐标状态下的原子 \\ \hline x\ <\ 12.3 & & 模型空间下x坐标小于12.3的原子 \\ \hline y\ <\ 12.3 & & 模型空间下y坐标小于12.3的原子 \\ \hline z\ >\ 12.3 & & 模型空间下z坐标大于12.3的原子 \\ \hline \end{array}\\$

原子类型

$\begin{array}[b] {|c|c|} \hline 操作符 & 别名 & 释义 \\ \hline text\_type\ TT & tt. & 商业版PyMOL\ 1.4-1.8自动分配 \\ \hline numeric\_type & nt. & \\ \hline \end{array}\\$

距离操作符的比较

有几个通过成对原子距离进行选择的操作符容易混淆。下表详细列出了它们之间的区别。

语法 1: s1 operator X of s2

语法 2: s1 and (s2 operator X)

$\begin{array}[b] {|c|c|} \hline 操作符 & 距离 & 测量点 & 包含s2 & 语法 & 备注 \\ \hline near\_to & \le X & 中心 & 不包含 & 1 & 等价于“around”\\ \hline within & \le X & 中心 & 如果匹配s1 & 1 & \\ \hline beyond & \gt X & 中心 & 不包含 & 1 &\\ \hline gap & \gt X & 中心+vdW & 不包含 & 2 &\\ \hline around & \le X & 中心 & 不包含 & 2 & 等价于“near\_to”\\ \hline expand & \le X & 中心 & 包含 & 2 &\\ \hline \end{array}\\$

语言属性

名称和关键字不区分大小写，除非设置了ignore_case
名称和关键字可以缩写为无歧义的前缀

最佳实践建议：仅写区分大小写的非缩写选择表达式。这样脚本才对运行时配置和将来的语言更改（例如添加新关键字）具有鲁棒