9.21-10.4 cut-loop_vsREMD

确定需要的vsREMD副本数（25个）

300.00 305.42 310.92 316.49 322.13 327.87 333.69 339.59 345.58 351.65 357.81 363.94 370.27 376.70 383.22 389.84 396.54 403.35 410.24 417.25 424.35 431.56 438.91 446.33 450.00


vi temp
:1,$s/ /\r/g

vsREMD 

升温

#vstest


for a in {1..25};do b=`sed -n "${a}p" temp`; sed "s/300.00/${b}/g" ../parameter/npt.mdp > npt${a}.mdp; done


which gmx_mpi


for i in {1..25};do gmx_mpi grompp -f npt_mdp/npt${i}.mdp -c npt.gro-r ../pre/pre${i}.gro -p ../parameter/topol.top -n ../parameter/index.ndx -o npt${i}.tpr -maxwarn 1; done


nohup sh -c 'for i in {0..25};do mpirun -np 50 gmx_mpi mdrun -v -deffnm npt${i}; done' &

md测试 ( 1 ns/2ns 测试！！！！！）

# 1ns test
for a in {1..25};do b=`sed -n "${a}p" ../parameter/temp`; sed "s/300.00/${b}/g" ../parameter/md.mdp > md_mdp/md${a}.mdp; done


for a in {1..25};do mkdir -p md${i};done


for i in {1..25};do gmx_mpi grompp -f md_mdp/md${i}.mdp -c ../npt/npt${i}.gro -p ../parameter/topol.top -n ../parameter/index.ndx -o md${i}/md.tpr -maxwarn 1; done


nohup mpirun -np 100 gmx_mpi mdrun -v -deffnm md -multidir md1 md2 md3 md4 md5 md6 md7 md8 md9 md10 md11 md12 md13 md14 md15 md16 md17 md18 md19 md20 md21 md22 md23 md24 md25 -replex 1000 &


for i in {1..25};do sed -i 's/500000/1000000/g' md$i.mdp md$i.mdp;done


#查看任务
1.tail -f nohup.out  
2.jobs
3.vi nohup.out
4.vi md0.log

调整温度参数(调整为22个副本）

# 0.2ns test
### 修改步长

vi ../parameter/md.mdp
mkdir md_mdp
for a in {1..22};do b=`sed -n "${a}p" temp`; sed "s/300.00/${b}/g" ../parameter/md.mdp > md_mdp/md${a}.mdp; done


mkdir tpr
for i in {1..22};do gmx_mpi grompp -f ../md_mdp/md${i}.mdp -c ../../npt/npt${i}.gro -p ../../parameter/topol.top -n ../../parameter/index.ndx -o md${i}.tpr -maxwarn 1; done


for i in {1..22};do mkdir md${i};cp tpr/md${i}.tpr md${i}/md.tpr;done


nohup mpirun -np 110 gmx_mpi mdrun -v -deffnm md -multidir md1 md2 md3 md4 md5 md6 md7 md8 md9 md10 md11 md12 md13 md14 md15 md16 md17 md18 md19 md20 md21 md22 -replex 1000 &


测试结果如下，还得调

#查看任务
1.tail -f nohup.out  
2.jobs
3.vi nohup.out
4.vi md0.log

vi ../parameter/md.mdp
mkdir md_mdp
for a in {1..22};do b=`sed -n "${a}p" temp`; sed "s/300.00/${b}/g" ../mdtest/parameter/md.mdp > md_mdp/md${a}.mdp; done


mkdir tpr
for i in {1..22};do gmx_mpi grompp -f ../md_mdp/md${i}.mdp -c ../../npt/npt${i}.gro -p ../../mdtest/parameter/topol.top -n ../../mdtest/parameter/index.ndx -o md${i}.tpr -maxwarn 1; done


for i in {1..22};do mkdir md${i};cp tpr/md${i}.tpr md${i}/md.tpr;done


nohup mpirun -np 110 gmx_mpi mdrun -v -deffnm md -multidir md1 md2 md3 md4 md5 md6 md7 md8 md9 md10 md11 md12 md13 md14 md15 md16 md17 md18 md19 md20 md21 md22 -replex 1000 &


预计8天后跑完