周丽萍 @957zlp

CentOS6.5下并行Charmm的安装 - Powered by Discuz! (bioms.org) 221服务器 先安装mpich tar xvf mpich-3.4.3.tar.gz cd mpich-3.4.3/ ./configure --with-device=ch3 --prefix="/home/jawang/software/mpich-3.4.3/" cd

先安装plumed 只有plumed2才支持gromacs-2019.6 安装之前最好看一下plumed支持的软件版本（看看官网？） unzip plumed2-master.zip cd plumed2-master ./configure --prefix=安装路径 CC=mpicc CXX=mpicxx make -j 4 make install 将库文件以及路径写入环境变量 vi ~/.

GROMACS2020 先安装cmake (最低版本要求3.9.6） Download | CMake 对应版本的源码 tar -zvxf cmake-3.21.4.tar.gzcd cmake-3.21.4./bootstrap./configure --prefix=/home/dddc/software/cmake3.21.4/ !!!注意，要在自己用户名下的目录配置

Enhanced Binding of SARS-CoV-2 Spike Protein to Receptor by Distal Polybasic Cleavage Sites B. Qiao and M. Olvera de la Cruz ACS Nano 2020 Vol. 14 Issue 8 Pages 10616-10623 Accession Number: 32806067

服务器上intel的license都过期了，暂时没有找到申请license的方法。重新下载安装了一个，目前使用不需要license（以后需不需要不知道） 目前只在GPU4N上（~/software/intel/oneapi/compiler/2022.0.2/linux/bin/intel64/icc）测试成功了，其他服务器上可能会出现GLIBC的问题，目前还没有解决 下载地址： Downloa

205服务器 其实能用canvas直接导出成excel最为简单，但是由于某些时候canvas导出的结构显示错误，所以就写了以下脚本以备不时之需 安装所需要的python模块 pip3 install cairosvg pip3 install pillow 先用openbabel将cdx文件转成svg矢量图，再用cairosvg（直接转成png格式清晰度受限，因此先转成svg） for i

207服务器 处理配体 首先需要处理配体，根据共价反应生成的配体结构，将反应氨基酸上的两个重原子连接到配体的相应位置，并进行加H（具体结构可看ligand.mol2，可以在chem3D中进行结构的修改，并进行初步优化导出为mol2） pythonsh ~/prog/adCovalentDockResidue/adcovalent/prepareCovalent.py --ligand D2-S

（207服务器） 下载对应版本的安装包 Downloads – mgltools (scripps.edu) conda create -n mgltools-zlp python=2.7 conda activate mgltools-zlp tar xvf mgltools_x86_64Linux2_1.5.7.tar_.gz cd mgltools_x86_64Linux2_1.5.