周丽萍 @957zlp

【讨论】药物设计常用方法之QSAR方法介绍 - 计算模拟 - 小木虫论坛-学术科研互动平台 (muchong.com)

聚类分析 gmx_mpi cluster -s R246I2-1-frame.pdb -f md-nowater-2.pdb -g -dist -sz -clid -cl -method linkage -cutoff 0.1 选择backbone进行拟合 https://www.jianshu.com/p/a0c15620702e -s文件中的原子顺序要和轨迹中的相对应

CPPTRAJ 教程: https://blog.chembiosim.com/amber-cpptraj-tutorial-1/ 计算重原子RMSD parm native.prmtop trajin md-nowater.crd reference step5_production-nowater.pdb rmsd :1-579&!@H= out all.dat mass re

https://link.springer.com/protocol/10.1007%2F978-1-61779-465-0_19#Sec3_19 #能量计算 cpptraj parm native.prmtop trajin md-nowater-nobox.crd rms first out rms.dat run quit ~/software/Brimm/apps/siet

MMPBSA.py 算熵变 熵变计算有两种方法，QH和NMA（NMA比较常见） 命令参数和计算焓变是一样的，in文件要单独设置文件 NMA示例文件: Input file for running PB and GB in serial &nmode nmstartframe=1, nmendframe=100, nminterval=30, nmode_igb=5, nmode_

源文件所在： deepmind/alphafold: Open source code for AlphaFold. (github.com) 非docker安装： kalininalab/alphafold_non_docker (github.com) cuda版本11.3才能按照给的配置安装，不然会报错！！！ 因为cudatoolskit cudnn tensorflow jaxlib要和

221服务器上安装的是1.4.3版本 具体需要的环境见官网https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/installation/ 因为需要的ambertools版本较高,所以安装的时候是在amber_20的环境下安装的 安装之前，环境变量里的amber版本一定要改成20 ./amber20_src/miniconda/bin/python3

改变编译器装包 https://stackoverflow.com/questions/56570251/how-to-change-compiler-of-openmpi CC=gcc CXX=g++ OMPI_CC=gcc OMPI_CXX=g++ pip install mpi4py