处理配体

pythonsh ~/prog/adCovalentDockResidue/adcovalent/prepareCovalent.py --ligand D2-SER-charge.mol2 --ligindices 65,64 --receptor 1z68_pre_A.pdb --residue A:SER624 --outputfile ligcovalent.pdb
#ligindices为与丝氨酸重叠的两个原子，需要按照从外到内的顺序写，生成之后需要查看ligcovalent.pdb的结构是否正确，是否将不应该连接的原子连接起来，理论上只会多出ser上截下的基团。如果不正确，可能是因为原子位置太近了，可以在pymol中手动调整配体mol2的坐标，或者重新优化结构使得需要叠合的原子离其他部分远一些，再重新执行上述命令。

生成pdbqt文件

pythonsh $MGL_ROOT/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Utilities24/prepare_receptor4.py -r 1z68_pre_A.pdb
pythonsh $MGL_ROOT/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Utilities24/prepare_receptor4.py -r ligcovalent.pdb

生成柔性和刚性部分pdbqt

pythonsh $MGL_ROOT/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Utilities24/prepare_flexreceptor4.py -r 1z68_pre_A.pdbqt -s 1z68_pre_A:A：SER624
pythonsh $MGL_ROOT/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Utilities24/prepare_flexreceptor4.py -r ligcovalent.pdbqt -s ligcovalent:A：SER624
#文件命名最好不要用数字结尾，以及符号连接，不然会报错
#查看ligcovalent_flex.pdbqt的结构，看结构是否正确，这个才是最后用于对接的结构

生成对接盒子和对接

pythonsh $MGL_ROOT/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Utilities24/prepare_gpf4.py -r 1z68_pre_A_rigid.pdbqt -x ligcovalent_flex.pdbqt -l ligcovalent_flex.pdbqt -y -I 20 -o 1z68_pre_A.gpf
pythonsh $MGL_ROOT/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Utilities24/prepare_dpf4.py -r 1z68_pre_A_rigid.pdbqt -x ligcovalent_flex.pdbqt -l ligcovalent_flex.pdbqt -p move='empty' -o 1z68_pre_A.dpf


locate AD4_parameter.dat （因为默认的文件中没有Ga的原子信息，所以需要自己加进去并指定参数文件路径）

touch empty
#本文件中为蛋白文件中需要删除的配体名称，本实验用的是空蛋白，所以文件为空，但还是需要生成
gpf dpf第一行加parameter_file ./AD4_parameters.dat
vi *gpf
vi *dpf
#修改unbond_model extend 为unbond_energy 0.0 盒子大小，对接中心，随机数设计
 
~/prog/autodock4_x86_64Linux2/autogrid4 -p 1z68_pre_A.gpf -l 1z68_pre_A.glg
~/prog/autodock4_x86_64Linux2/autodock4 -p 1z68_pre_A.dpf -l results.dlg

处理对接结果

grep "DOCKED:" test_1z68_pre_model1.dlg |sed 's/DOCKED: //g' >out.pdbqt
csplit out.pdbqt /\\ENDMDL/+1 {*} -n2 -f single -b "-%d.pdbqt"
for i in `seq 0 9`;do j=`grep "Estimated Free Energy of Binding" single-$i.pdbqt|awk '{print $8}'`;mv single-$i.pdbqt single-$j.pdbqt;done

使用自己给定的charge进行对接

未解决的问题