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#疑问点：
1)质子化pdb2pqr参数是什么含义
  • pdb2pqr是python3的库，可以后面看看--help
2）.prep是什么文件格式？？ RESP是什么方法
3）frcmod是什么文件格式,
  • {
    •  bond lengths;  
    • Angles; 
    •  Dihedrals; 
    •  Non-bonded Interactions;  
  • }
4)输入时蛋白-配体体系，那么用晶体结构就可以了吗？不用预处理了？？
5）Antechamber 生成的 NEWPDB.PDB 文件的原子索引（Atom Index）通常与 对接结果不同。 由于拓扑信息（Topology）和位置信息（Position）不匹配，我们需要手动修改 文件，使两者一致。
6）所以是先准备晶体结构/对接结构，然后再进行预处理步骤？？
7）小分子的加氢和拓扑生成要同时进行吗？{
  • maestro中ligand preparation >>>>配体文件(格式？）>>>>参考结构，然后用Gaussian View对原来的分子进行 加氢减氢？？
8） antechamber是提取小分子静电势，parmchk2提取小分子力场参数信息
9）docking>>>> process pdb& ligand >>>>合并文件 >>>>.pdb 还是
process pdb& ligand >>>>docking合并文件 >>>>.pdb
10) ff14SB是什么力场？
11）pdb2pqr不是必需的，pdb4amber好像就可以了，然后用PDBfixer/Modeller。
或是Pymol操作：{
  • fetch 1abc # 下载PDB
  • remove solvent # 删除水分子
  • remove inorganic # 删除无机离子
  • select organic; remove sele # 删除有机配体
  • save 1abc_clean.pdb # 保存处理后的文件
}
12）体系准备的标准是什么？
gromacs可以用grep去除配体，然后PDBfixer等修复残基，然后pdb2pqr质子化。
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Preprocess Input
{
  • 1. process protein{
    • 输入：**raw**.pdb I（晶体结构/同源建模结构-->参考Homologous Modeling）
    • 质子化：pdb2pqr{
      • 命令：pdb2pqr30 input.pdb out.pqr 
      • --ff AMBER 
      • --ffout AMBER 
      • --with-ph  7.4 //按照生理条件来
      • --pdb-output out.pdb
    • }
    • 输出：****.pqr ,****.pdb ****.log
    • || 质子化过程，完成标志为质子化完成后检查文件中的HIS是否被自动改为HID或者HIE
  • }>>>{汇总输出：****.pqr，****.pdb}
  • 2. process ligand{
    • I：**raw**.pdb
    • 拓扑生成：Antechamber{
      • -i ==input, **raw**.pdb
      • -fi 输入文件格式 .e.g. pdb
      • -o==output **ligand**.gjf
      • -fo 输出文件格式 .e.g. gcrt（高斯输入文件格式）
    • }
    • O-I：****.gjf/.com >>添加高斯任务说明
    • 结构优化：Gaussian ****.gjf/.com
    • O-I：****.log 
    • 配体准备：Antechamber{
      • i ****.log
      • -fi  gout#表示高斯输出格式
      • -o ****.prep
      • -fo prepi #我也不知道这个文件格式是什么？
      • -c resp#这个参数是啥呢, RESP方法
    •  }
    • O-I：****.prep
    • 生成力场：parmchk2{
      • -i **ligand**.prep
      • -f prepi
      • -o **ligand**.frcmod
      • -a y
    • }
    • O:****.frcmod，****.pdb
}>>>{汇总输出：****.gjf/.com， ****.log，****.prep，****.pdb，****.frcmod，}
Input{
  • 1.蛋白-配体晶体结构
  • process pdb & ligand >>>>合并文件>>>>.pdb
  • 2.蛋白-配体对接结构
  • docking>>>> process pdb& ligand >>>>合并文件 >>>>.pdb
}
Process{
  • 1. load forcefield{
    • I: tleap.in
    • 加载力场：source ** OMP_NUM_THREADS=
    • tleap.sh{
      • -f tleap.in
    • }
    • O: topol.top &&gromacs.gro
  • }>>>{汇总输出：topol.top，gromacs.gro}
  • 2.