File/data flow

General：

{汇总输出：****.pqr，****.pdb}

{汇总输出：****.gjf/.com， ****.log，****.prep，****.frcmod，****.pdb}

{汇总输出：topol.top，gromacs.gro}

#parallel a'bove

Gromacs:

{最终输出文件：md.cpt md.edr md.gro md.log md.tpr md.trr md.xtc}

Amber:

注：

1）模拟时间 (ps) = nsteps × dt

2)文件说明：

文件后缀/全称/作用/查看工具

.tpr/Topology and Parameters Run input/包含模拟的初始结构、拓扑和所有参数（二进制文件）/gmx dump -s md.tpr

.gro/Gromacs Run Output/模拟结束时的结构坐标（文本格式）/文本编辑器

.trr/Trajectory Run Raw/全精度轨迹文件（含坐标、速度、力）/gmx traj -f md.trr

.xtc/XT Compressed trajectory/压缩轨迹文件（仅坐标，精度较低）/gmx traj -f md.xtc

.edr/Energy Data Repository/能量数据文件（势能、温度、压力等）/gmx energy -f md.edr

.cpt/ChePoinT/检查点文件（模拟中断时可恢复的状态）/gmx check -f md.cpt

.log/Log file/运行日志（进度、警告、性能统计）/文本编辑器