using Amber

问题：
1）能量最小化的配置文件：min.in 需要配置什么？{
  • cut=8.0 （cut指cutoff，一般用10.0埃米，所有.in参数文件中尽量保持一致）
  • restraintmask=':1-439'     (这里的1-439修改成你的体系复合物实际的残基数目 编号）
  • .etc.
}
2)升温配置文件：heat.in怎么配置
3）预平衡配置文件：density.in怎么配置
4)模拟配置文件：md.in怎么配置的？{
  • restraintmask=':ZN，167，170，218，220' (这部分用于位置限制的残基修改
  • 为ZN2+以及与其形成配位键的残基)
  •  nstlim=100000000， （步长，该参数决定要模拟的时长，参考手册进行调整）
  •  cut=10.0， (与min.in, heat.in, density.in保持一致，建议统一用10.0)
  •  后边采用了不加Zn离子的蛋白
  • 质，restraintmask=':ZN，167，170，218，220'和ntr那两行删掉才正常运行
  • }
5.为什么要同时提交两个pmemd.cuda
补充说明：
pdb2pqr
 tleap 、antechamber,cpptraj、ambpdb是ambertools的工具，ambertools可以本地编译，也可以是python库。
 体系准备，参考主流程
 process{
  •  I:****.pdb
  • 加载力场：tleap tleap.in{
    • #tleap.in的内容，或者可以在tleap内部执行
    • source oldff/leaprc.ff14SB
    • source leaprc.gaff  //加载力场
    • loadAmberParams frcmod.ionsjc_tip3p //#locate一下目录 ,什么目录？
    • pro=loadpdb ${protein}_out.pdb #加载定义蛋白质
    • bond pro.22.SG pro.96.SG #load蛋白和配体的结构之后，有二硫键的需要添加二硫键，无则不需要。示例命令是指pro中第残基22的SG原子与pro中残基96的SG原子形成共价键，注意每
    • 一个二硫键都要单独用一条命令进行bon
    • solvatebox pro TIP3PBOX 10 #溶剂化，加盒子，默认10
    • charge pro#检查电荷
    • addionsrand pro Na+ 70 Cl- 64
    • charge pro ###一定要保持电荷为0，上面添加电荷也是为了平衡电荷
    • saveamberparm pro anti.prmtop anti.inpcrd###保存蛋白质受体的拓扑文件和坐标文件
    • savepdb pro pro-${protein}.pdb #保存蛋白质加完盒子的pdb文件
  • }
  • O-I: anti.prmtop,anti.inpcrd, ****.pdb
  • 能量最小化：pmemd.cuda {
    • -O
    •  -i min.in 
    • -p anti.prmtop 
    • -c anti.inpcrd 
    • -o min.out
    •  -r  min.rst
    •  -ref anti.inpcrd
  • }
  • O: ???
  • 轨迹分析：cpptraj -p anti.prmtop -y min.rst -x min.rst7
  • 格式转化：ambpdb -p anti.prmtop < min.rst7 > min.pd
  • O-I: min.rst 
  • 升温：pmemd.cuda {
  •  -O 
  • -i heat.in 
  • -p anti.prmtop 
  • -c min.rst 
  • -o heat.out 
  • -r heat.rst 
  • -ref min.rst
  • }
  • O-I: heat.rst
  • 预平衡：pmemd.cuda{
  •  -O
  •  -i density.in
  •  -p anti.prmtop
  •  -c heat.rst
  •  -o  density.out
  •  -r density.rst 
  • -ref heat.rst
  • }
  • 提交MD计算： pmemd.cuda{
  •  -O 
  • -i md.in 
  • -p anti.prmtop 
  • -c density.rst 
  • -o md.out 
  • -x md.crd 
  • -r md.rst 
  • -ref den
  • }
  • pmemd.cuda {
  • -O 
  • -i md.in 
  • -p anti.prmtop 
  • -c md.rst 
  • -o md_2.out 
  • -x md_2.crd 
  • -r md_2.rst 
  • -ref md.rst 
  • }