MD versus AutoMD

MD{
  • 蛋白准备
  • 配体准备
  • 加载力场
  • 能量最小化
  • 升温
  • 预平衡
  • 全模拟
}
versus
AutoMD==mdframe_run{
  • lig_param_run
  • lig_param_generate
  • lig_param_check
  • tleap_param_generate
  • gmxtop_add_restrain
  • gmx_pre_equ
  • gmx_mdrun
}//显然这里用的gmx，使用之前要source ~/.gmx****
貌似gromacs不能多GPU...一个任务只能指定一个GPU