Tool Introduction

工具的使用层次还是有点没理清楚。
不过基本上是：
蛋白修复：pdbfixer +质子化：pdb2pqr （或用pdb4amber标准化残基）
配体优化（antechamber+gaussian+parmchk2）
ambertools{
  • pdb4amber{
    • argument:
      • -i input
      • -o output
      • --prot：仅保留Amber兼容的标准残基
      • --reduce：优先执行加氢操作
      • --dry 删除水
      • --
    • }
}
pdb2pqr{
  • arguement:
    • input.pbd
    • output.pqr
    • --ff {
      • AMBER（默认）：适用于常规分子动力学模拟
      • CHARMM：适用于膜蛋白或特殊残基
      • PARSE：专为静电计算优化
      • PEOEPB：改进的溶剂化模型
    • }
    • --ffout AMBER 
    • --titration-state-method={
      • propka：基于物理化学原理，适合大多数蛋白
      • pdb2pka：考虑局部微环境，适合金属蛋白
      • nter：仅处理N端氨基
    • }//pka预测方法
    • --with-ph  7.4 //按照生理条件来
    • --pdb-output out.pdb
    • --drop-water //删除结晶水分子
    • --noopt  //禁用结构优化（保留原始晶体构象，避免氢原子位置扰动）
    • --keep-chain  //保留多链标识符（对多亚基蛋白至关重要）
    • --nodebump //关闭空间冲突检测（加速处理大型复合物）
}
PDBfixer{
  • arguement{
    • --add-atoms={all|heavy}  # "all"补全氢原子，"heavy"仅补全重原子
    • --add-residues           # 根据SEQRES记录补全缺失残基
    • --replace-nonstandard    # 将HIS/HIP/HID等转换为力场兼容形式
    • --remove-heterogens=water
    • --output=
    • --keep-heterogens="ZN"
  • }
}