新服务器软件配置流程记录-lywu-2023-02-20
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lywu
dddc2023
cmake
GROMACS2020要求安装cmake的最低版本是要求3.9.6
官网下载与系统匹配的cmake包
172.21.85.24的安装（直接从cpu256复制过来的压缩包）
- tar -zvxf cmake-3.21.4.tar.gz
- cd cmake-3.21.4
- ./bootstrap
- ./configure --prefix=/home/lywu/software/cmake/cmake3.21.4
- make -j 40
- make install
写入环境变量
- #cmake-3.21.4
- export PATH=/home/lywu/software/cmake/cmake3.21.4//bin/:$PATH
openmpi
- wget https://download.open-mpi.org/release/open-mpi/v4.1/openmpi-4.1.4.tar.gz
- tar -zxvf openmpi-4.1.4.tar.gz
- ./configure --prefix=/home/lywu/software/openmpi/openmpi414
- make -j 40
- make install
gcc
- wget http://ftp.gnu.org/gnu/gcc/gcc-12.2.0/gcc-12.2.0.tar.gz
- tar -zvxf gcc-12.2.0.tar.gz
- cd gcc-12.2.0/
- ./contrib/download_prerequisites
- mkdir build
- cd build
- ../configure --prefix=/home/lywu/software/gcc/gcc1220 -enable-checking=release -enable-languages=c,c++,fortran -disable-multilib
- make -j 100 #该步骤较为耗时
- make install
写入环境变量
- #gcc
- export PATH=//home/lywu/software/gcc/gcc1220/bin/:$PATH
- export LD_LIBRARA_PATH=/home/lywu/software/gcc/gcc1220/lib/:${LD_LIBRARY_PATH}
anaconda
查看linux系统版本
- cat /proc/version
- Linux version 3.10.0-1160.71.1.el7.x86_64 (mockbuild@kbuilder.bsys.centos.org) (gcc version 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-44) (GCC) ) #1 SMP Tue Jun 28 15:37:28 UTC 2022
下载与系统相匹配的anaconda包
安装anaconda
- sh Anaconda3-2022.10-Linux-x86_64.sh
配置镜像
pyemma
pytraj
mdtraj
mdanalysis
rdkit
pymol
pdb2pqr
smina
prolif
安装vsREMD-GMX514-plumed2
编译plumed2
plumed2尚未能与GMX514-vsREMD联合配置，出现报错，怀疑是GMX514对应的patches有问题
如果后续需要plumed2-vsREMD联用，则详细检查这部分内容，现阶段不需要，不再进一步探索
官网下载plumed2
- wget https://github.com/plumed/plumed2/releases/download/v2.8.1/plumed-2.8.1.tgz
- tar zxvf plumed-2.8.1.tgz
编译之前注意检查/plumed2-2.8.1/patches目录下是否有对应的GROMACS等版本
（非常重要，否则需要重新编译）
该目录下也有repl_ex.cpp，但是未将其更换成jawang修改后的版本，在cpu256上也能跑vsREMD
- scp -r dddc@172.21.85.23:/home/dddc/software/plumed2-master/patches/gromacs-5.1.4* ./
包括funnel
- 服务器：172.21.85.24
- cd plumed-2.8.1
- ./configure --prefix=/home/lywu/software/plumed2/plumed2-funnel --enable-modules=funnel
- make -j 40
- make install
将库文件和程序路径写入环境变量~/.bashrc
- #plumed2-funnel
- export LD_LIBRARY_PATH=/home/lywu/software/plumed2-funnel/lib:${LD_LIBRARY_PATH}
- export PATH=/home/dddc/software/plumed2-funnel/bin/:$PATH
检查支持的软件类型和版本
- plumed-patch -p
编译vsREMD
官网下载GMX514
- wget http://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-5.1.4.tar.gz
- tar xvzf gromacs-5.1.4.tar.gz
- cp gromacs-5.1.4 ./gromacs-5.1.4-vsremd
更换rep_ex.cpp文件（至关重要）
需要更新干净版本的repl_ex.cpp，使用grep检查是否有plumed植入，若有，则可能会出现问题
/home/lywu/software/gmx/gmx514-vsremd
- cd gromacs-5.1.4-vsremd
- plumed-patch -p
- mkdir build
- cd build
- cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/lywu/software/gmx/gmx514-vsremd -DGMX_SIMD=SSE2 -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_MPI=ON
- make -j 100
- make install
mpirun -np 200 --oversubscribe gmx_mpi mdrun -v -deffnm md0
安装AMBER
