DRAK2蛋白和PA-COA对接
10个蛋白晶体结构的活性底物都在同一口袋
MD
75.5
环境准备
- # 激活ambertools环境（包含tleap和antechamber）
- conda activate ambertools
- # 加载g16和gmx_mpi
- export PATH=/home/dddc/rtluo/software/g16:$PATH
- export GAUSS_EXEDIR=/home/dddc/rtluo/software/g16
- source ~/.gmx2024.4.sh
- # 确认三个工具都可用
- which tleap # → /home/dddc/software/miniforge3/envs/ambertools/bin/tleap
- which g16 # → /home/dddc/rtluo/software/g16/g16
- which gmx_mpi # → /home/dddc/software/gmx/v_2024.4/.../gmx_mpi
第一步：生成高斯输入文件并提交
- cd /home/databank/ydn/DRAK2/MD/noMg
- python lig_parameter_cal.py -i /home/databank/ydn/DRAK2/MD/noMg -t mol2
- # 输出：noMg_lig.gjf submitted successfully with PID xxxxxx
第二步：等待高斯计算完成
- cd system1/ligprep
- tail -f noMg_lig.log
- # 等待出现：Normal termination of Gaussian 16
- # 出现后按 Ctrl+C 退出监控
第三步：确认高斯输出文件
- cd /home/databank/ydn/DRAK2/MD/noMg
- ls system1/ligprep/
- # 应该看到：noMg_lig.gjf noMg_lig.log（以及其他高斯临时文件）
- # 确认正常结束
- tail -1 system1/ligprep/noMg_lig.log
- # → Normal termination of Gaussian 16 ...
第四步：运行主流程脚本
- cd /home/databank/ydn/DRAK2/MD/noMg
- nohup python total_control-v2.py 1 > script.log 2>&1 &
- # 监控日志
- tail -f script.log
脚本会依次执行：
- lig_resp_cal.py → 生成 lig.prep + lig.frcmod
- atom_name_check.py → 生成 LIG.PDB
- md_parm_gen.py → tleap生成 complex.prmtop + complex.inpcrd
- amber_to_gmx.py → 转换为 gmx.top + gmx.gro，生成约束文件
- pre_equ.py → EM → NVT×3 → NPT×3
注意事项
目前高斯还在跑（PID 3705883），等高斯完成后再执行第三步和第四步。
可以用这个命令检查高斯是否还在运行：
- ps aux | grep 3705883
没有输出说明已经结束，再检查log最后一行确认是否正常结束。
