MD分析

1000帧取1帧

cpptraj
> parm native.prmtop
> trajin dry-align.xtc 1 10000000000 1000
> trajout check.pdb
> run

符号异常：

GLU 63：负电残基，EEL = +49，但TOTAL = -0.72（负值，负电残基对负电配体贡献有利）

量级异常的带正电残基（EEL绝对值远超正常）：

ARG 51：TOTAL = -10.47，EEL = -102

ARG 176：TOTAL = -8.63，EEL = -82

LYS 143：TOTAL = -8.09，EEL = -79

ARG 52：TOTAL = -5.58，EEL = -76

LYS 26：TOTAL = -3.90，EEL = -86

量级异常的带负电残基（EEL正值过大）：

ASP 162：TOTAL = +2.50，EEL = +73（直接与磷酸相邻，负负排斥）

ASP 141：TOTAL = +3.23，EEL = +74

远端残基EEL异常（离口袋很远但EEL仍有十几个kcal/mol）：

*GLU 288、GLU 289、SER 291：EEL各约+13-14

最异常是GLU63，其次是ASP162和ASP141直接与配体磷酸排斥，以及所有远端GLU/ASP残基的长程静电响应。

静电（EEL）异常的残基：

正常规律是带正电残基EEL为负，带负电残基EEL为正。以下残基量级异常大（说明感受到配体-4电场的强烈影响）：

带负电残基EEL正值异常大（>20 kcal/mol）： GLU9(+20)、GLU21(+37)、GLU41(+25)、GLU59(+47)、GLU63(+49)、GLU68(+24)、GLU81(+24)、GLU84(+27)、GLU88(+32)、GLU100(+42)、GLU108(+24)、GLU111(+20)、GLU115(+20)、GLU127(+22)、GLU174(+28)、GLU177(+42)、GLU183(+40)、GLU188(+28)、GLU221(+25)、GLU225(+24)、GLU239(+17)、GLU240(+18)、GLU262(+20)、GLU268(+20)、ASP55(+34)、ASP141(+74)、ASP157(+25)、ASP162(+73)、ASP193(+25)、ASP200(+34)、ASP222(+28)、ASP236(+21)、ASP251(+18)、ASP280(+19)、SER291(+13)、GLU288(+14)、GLU289(+14)

溶剂化（EGB/Polar Solvation）异常的残基：

正常规律是EGB和EEL方向相反（相互补偿），以下残基EGB补偿不完全，导致TOTAL符号异常：

GLU63：EEL=+49，EGB=-49.7，TOTAL=-0.72（负电残基最终贡献为有利，符号完全反常）

ASP200：EEL=+34，EGB=-34.1，TOTAL=-0.092（同样符号反常）

LYS45：EEL=-58，EGB=+61，TOTAL=+1.37（正电残基最终贡献为不利，符号反常）

最核心的异常：

GLU63和LYS45的TOTAL符号与其电荷性质完全相反，"符号不对"的典型——负电残基GLU63对负电配体贡献有利（-0.72），正电残基LYS45对负电配体贡献不利（+1.37），这两个在结构里的位置最值得去看。

是不是：这个配体（-4电荷）配体电场太强，影响到了全蛋白所有负电残基，远端GLU/ASP（GLU9、GLU21、GLU84、GLU88……）也都感受到强烈排斥，贡献了大量正EEL，把口袋内正电残基的吸引完全抵消甚至反超 → EEL差值为正（异常）

蛋白整体带负电（激酶表面GLU/ASP多于ARG/LYS），配体-4的强电场把这个不平衡放大了，导致整体静电排斥大于吸引，EEL为正。

负电残基EEL排斥总和 = +1128.58 kcal/mol

正电残基EEL吸引总和 = -1004.74 kcal/mol