Gromacs

聚类分析

gmx_mpi cluster -s R246I2-1-frame.pdb -f md-nowater-2.pdb -g -dist -sz -clid -cl -method linkage -cutoff 0.1

选择backbone进行拟合

-s文件中的原子顺序要和轨迹中的相对应

              

提取能量，做能量分布图

gmx_mpi energy -f md.edr -o md11_energy.xvg

导入graphpad 做frequency analysis

              

FEP计算

Trajectory file (.trr)，二进制，轨道文件(.trr)，一旦运行时输入参数文件(.tpr)可以使用了，我们就可以模拟了。开始运行模拟的程序是 mdrun。当开始运行 mdrun 时，你经常需要的唯一输入文件就是运行输入参数文件(.tpr)。mdrun 的输出文件是轨道文件和一个日志文件(.log)。它包含所有的坐标、速度、力和能量信息，就如在(.mdp)文件中指出的一样。详细信息见这里trr file format

模拟轨迹单精度文件（.xtc）。单精度轨迹文件，文件较TRR和TRJ小，为常用分析文件。包含模拟系统中原子坐标，模拟时间，和模拟盒子信息。

周期性矫正

gmx_mpi trjconv -s ../remd.tpr -f remd.xtc -o remd_whole.xtc -pbc mol -n ../index.ndx -dt 100 -ur compact -center

构象叠合

gmx_mpi trjconv -s density-nowater.pdb -f md-nowater-every1ns.pdb -o  md-nowater-every1ns-fit.pdb -fit rot+trans

续跑