AMBER

CPPTRAJ 教程: https://blog.chembiosim.com/amber-cpptraj-tutorial-1/

计算重原子RMSD

parm native.prmtop
trajin md-nowater.crd
reference step5_production-nowater.pdb
rmsd :1-579&!@H= out all.dat mass reference
rmsd :1-278,351-579&!@H= out protein.dat mass reference
run 
quit

氢键分析

parm native.prmtop
trajin md-nowater.crd
hbond donormask :233 acceptormask :351-585 out 233_donor_hbond.dat avgout avg_233_donor_hb.dat   #以233位残基为供体  351-585位为受体的的氢键
run
clear all
parm native.prmtop
trajin md-nowater.crd
hbond donormask :351-585 acceptormask :233 out 233_acceptor_hbond.dat avgout avg_233_acceptor_hb.dat
run
quit

轨迹重新做周期性矫正

How to wrap protein (dimer)-ligand complex with CPPTRAJ in AMBER? (researchgate.net)

parm D1_wat.prmtop
trajin md35.mdcrd
autoimage anchor :37-460   #anchor可选参数，有小分子的话可以设为小分子的序号，多试试才能得到想要的结果
rms first out rmsd.dat .CA,C1'

用autoimage解决不了的时候，也可以用center加image

parm complex.prmtop
trajin md.crd
center :382@CA
image center
strip :WAT,Na+,Cl-
trajout md-nowater.crd nobox
run
quit

测量距离 cpptraji

distance 233-383_NH2_COOH :233@NH1,HH11,HH12 :383@CG,OD2,OD1 out 233-383_NH2_COOH_distance_500ns.dat
distance d1-d2 :280-286 :375-379 geom out d1-d2.dat      #几何距离
distance d1-d2 :280-286 :375-379 mass out d1-d2.dat       #质心距离

测量最小距离

nativecontacts :280-282 :375-377 name d280_282-375_377 mindist out mindist.dat

聚类分析(算法为kmeans，聚成3类，根据307位残基重原子的rmsd聚类，每5帧算一次，dat为各类输出文件，以pdb的格式输出每一类的代表性构象，前缀名为clus)：

parm native.prmtop
trajin md-nowater.crd
cluster C1 kmeans clusters 3 rms :307&!@H= sieve 5 random out cluster.dat summary cluter_summary.dat info cluster_info.dat repout clus repfmt pdb
run
quit

修改参数文件

parm complex.prmtop
parmstrip :WAT,SOL
parmstrip :NA,CL
parmstrip :NA
parmstrip :Na
parmwrite out test.prmtop
run
quit

MMPBSA.py 算熵变

熵变计算有两种方法，QH和NMA（NMA比较常见）

命令参数和计算焓变是一样的，in文件要单独设置文件

NMA示例文件:

Input file for running PB and GB in serial
&nmode
  nmstartframe=1, nmendframe=100,
  nminterval=30, nmode_igb=5, nmode_istrng=0.1,
/

QH示例文件

Input file for running PB and GB
&general
  startframe=1, endframe=5, interval=1,entropy=1, keep_files=0,
/

执行命令：

mpirun -np 10 MMPBSA.py.MPI -O -i qh.in  -o qh_entropy.dat -cp ../native.prmtop -rp ../protein.prmtop -lp ../ligand.prmtop -y test-fit.pdb

PS：QH在计算的时候会占用大量的RAM（运行内存），所以在提交的时候要注意只提交10个及以下的核数，注意观察nohup out文件，没有报错才能正常算。

NMA的计算不支持charmm力场