SIE算结合自由能
#能量计算
- cpptraj
- parm native.prmtop
- trajin md-nowater-nobox.crd
- rms first out rms.dat
- run
- quit
- ~/software/Brimm/apps/sietraj/sietraj -pt native3.prmtop -trj md-nowater-nobox.crd -sf 1000 -ef 2000 -inc 20 -tr 1-5378 -lr 5379-5452 -o 1ns.out -sie
#先用origin查看rmsd值，记录构象稳定的时间（1000,0.5ns），从第1000个构象到2000个构象，间隔20，共计50个构象，计算0.5ns~1ns的能量平均值。1-5378为蛋白质原子数，5379-5452为配体原子数。