膜蛋白专题

几乎总是需要检查/设置

• Terminal group patching（末端修补）
• 建议：N 端选择 NH3+，C 端选择 COO-。这会使末端的电荷状态符合生理 pH（约 7.0）。如果蛋白质末端处于跨膜区或参与特殊相互作用，可设为 None，但通常 GPCR 建议修补。
•  N端 (N-terminus) 修饰选项
• NTER: 标准带电N端 (-NH₃⁺)。适用于大多数野生型、全长蛋白，模拟生理pH下的真实带电状态。
• NNEU: 中性N端 (-NH₂)。通常用于模拟极端高pH环境，常规模拟不推荐。
• ACE / ACP: 乙酰化的N端 (CH₃CO-NH-)。主要用于截短蛋白、合成肽段或蛋白片段，以模拟其在天然环境下的中性状态。

• CTER: 标准带电C端 (-COO⁻)。适用于野生型、全长蛋白，模拟生理pH下的真实带电状态。
• CNEU: 中性C端 (-COO⁻？)。这是较新的补丁，用于生成中性末端。特定研究可能需要，但对常规β2AR模拟不推荐。
• CT1: 甲酯化C端 (-COO-CH₃)。常用于合成多肽或蛋白片段以中和C端电荷，同ACE搭配使用。
• CT2: 酰胺化的C端 (-CONH₂)。常用于合成多肽或蛋白片段以中和C端电荷，同ACE搭配使用。
• CT3: 甲胺化的C端 (-CO-NH-CH₃)。常用于合成多肽或蛋白片段以中和C端电荷，同ACE搭配使用。
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• Disulfide bonds（二硫键）
• 建议：必须正确设置。β2AR 在胞外环区有保守二硫键（例如 Cys106–Cys191 等）。你可以：
  • 如果系统已经自动识别出配对，检查是否正确。
  • 否则，手动点击“Select disulfide bonds”按钮，根据残基编号勾选正确的配对。
• 二硫键设置错误会导致结构不稳定或模拟崩溃。
• Protonation state（质子化状态）
• 建议：保持默认（系统会根据 pH 自动判断）。但若你的配体与某个组氨酸（His）有氢键或离子相互作用，建议展开该选项，检查该 His 的质子化状态是否合理（HID/HIE/HIP）。对于一般体系，可跳过。

❌ 通常不需要操作的选项（保持空白/默认）

Cyclic peptide?

Preserve hydrogen coordinates

Mutation

Phosphorylation, Ubiquitylation / SUMOylation, GPI anchor, Glycosylation, Heme coordination, Add Lipid-tail, Peptide Stapling, FRET/LRET labels, MTS reagents, Non-standard amino acid, Lys/Arg PTMs

⚠️ 注意事项

• Glycosylation / Glycan Ligand(s)：如果 β2AR 有已知的糖基化位点（如 N187），且你想模拟糖基化，才需要设置。否则保持未勾选。

Use CHARMM MC?：即使勾选了糖基化，也不建议启用 MC 快速模式（除非你清楚后果），系统已提示需仔细检查输出。

• 二硫键常见错误：有些 PDB 文件的二硫键记录不完整或错误，务必用 PyMOL 或 VMD 确认实际距离（S-S 键长约 2.0 Å）后再在 CHARMM-GUI 中设置。

• 选择：Use CHARMM General Force Field to generate CHARMM top & par files (using ParamChem service)
• 然后：在下方出现的选项中，选择 the MOL2 file uploaded from，并上传你之前下载的 .mol2 文件。

cat protein.pdb ligand.pdb > complex.pdb
删除掉配体文件开头的 END 行和任何 ENDMDL 标记，确保原子坐标行是连续完整的
gmx check -f complex.gro

// 【关键插入点】—— 在这里 #include 配体的拓扑文件#include "ligand_clean_GMX.itp"