Logs_2026-8-31后

2026-9-7：

完成beta2AR active 2us的模拟✅

处理一下轨迹，产生2us的轨迹

~/Server/S752/Backup/D3Pockets2_testsystem/20260710/beta2AR/active/charmm-gui-8105923869/gromacs

输出到processed_2us

2μs 轨迹处理完成，全部输出到 process_2us/：

处理流水线（脚本 process_2us/process_2us.sh）：

1. trjcat -settime 拼接 20 个 100ns 片段 → merged.xtc（2000 帧, 0-2000ns）

2. -pbc whole → prod_whole.xtc

3. -pbc nojump → prod_nojump.xtc

4. -center -pbc mol -ur compact（以 SOLU 蛋白+离子为中心）→ prod_center.xtc

5. -fit rot+trans（对齐到首帧）→ prod_fit.xtc

6. 去水，保留蛋白+膜 → prod_solu.xtc

7. 首帧参考结构 → ref_first.pdb

8. RMSD：rmsd_ca.xvg（Cα）、rmsd.xvg（全蛋白）、图 rmsd_2us.png

结果验证：Cα RMSD 均值 0.26 nm，最大 0.45 nm，值合理，无 PBC 伪影。

完成。apo（蛋白+配体68H，无膜无水）结构轨迹已提取，输出在 process_2us/：

- 结构: apo_first.pdb (5106原子，蛋白5067 + 配体68H的39)

- 轨迹: apo.xtc (2000帧, 0-2000ns, PBC处理对齐后)

注：../index.ndx 之前被覆盖成了默认分组，实际提取用的新索引 process_2us/index_apo.ndx 中

Apo 组(20) = Protein + 68H，若需要调残留文件可用它复现。

2026-8-31：

续跑一下beta2AR体系 active到2us工作目录：~/Server/S752/Backup/D3Pockets2_testsystem/20260710/beta2AR/active/charmm-gui-8105923869/gromacs脚本已写好：resume_2us.sh用法：

cd /home/gaoxiangxu/Server/S752/Backup/D3Pockets2_testsystem/20260710/beta2AR/active/charmm-gui-8105923869/gromacs

nohup bash resume_2us.sh > resume_2us.log 2>&1 &

[1] 895101

说明：- 从 step7_10 的 checkpoint 续跑，生成 step7_11 到 step7_20（每段100 ns，共10段）

- 每段自动 grompp + mdrun，使用上一段的 .gro + .cpt 作为输入- 运行日志可查看 resume_2us.log