obabel

obabel 从cdx直接转sdf，手性可能会出现错误，可以先从cdx导出成smi，然后再转成sdf
但是有时候会出现键丢失的问题
  • obabel -icdx NF-6-21a1.cdx -osmi -O NF-6-21a1.smi
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  • obabel -ismi NF-6-21a1.smi -osmi ^C NF-6-21a1.smi
比较两个小分子的2D相似性
  • for i in `ls`;do for j in `ls ../sdf/`;do simi=`obabel $i ../sdf/$j -ofpt |grep "="|awk '{print $6}'`;if [ $simi == 1 ]; then echo $i $j $simi >> ../compare_results.dat;fi;done;done