Pymol + PPT 做movie(gif)

pymol

平移动画

set movie_auto_store, 0
mset 1x20
#配体向上平移20，向右平移80,存储为第1帧
translate [0, 20, 0], object=ligand
translate [-80, 0, 0], object=ligand
#rotate x, 20, object=ligand
mview store, 1, object=ligand
#配体向左平移80,存储为第15帧
translate [80, 0, 0], object=ligand
mview store, 15, object=ligand 
#加15帧
#配体向下平移20,存储为第25帧
madd 1x5
translate [0, -20, 0], object=ligand
mview store, 25, object=ligand 
#加15帧
#配体向上平移60,存储为第40帧
madd 1x15
translate [0, 60, 0], object=ligand
mview store, 40, object=ligand

重新开一个pse做旋转动画

#获取当前视野
get_view
#设置为相同的视野
set_view (\
     0.016610749,    0.249272928,   -0.968274355,\
    -0.520265639,   -0.824822366,   -0.221274376,\
    -0.853831172,    0.507439077,    0.115999356,\
    -0.000075653,    0.000589103, -244.156860352,\
   -19.906517029,    6.209612846,   -2.227812052,\
  -664.322265625, 1152.212036133,  -20.000000000 )

旋转动画

mset 1x25
mview store, 1
mview store, 25
#逆时针旋转120°,并存储第30帧
#rotate x, 90, origin=[ -22.953,  21.088, -16.323] 这命令好像不太管用啊
#原点定位体系的质心，turn是围绕质心
origin position=[ -22.953,  21.088, -16.323]
turn x, 90 
#绕x轴旋转90度，停留5帧，再转回去
mview store, 10, power=1.0
mview store, 15

导出成png

file-export movie as-png

设置合适的大小

PPT

如需加其他的图形和标签，可用PPT，不需要的话可以直接convert

导入PPT，一张图one slide, 并将PPT设置为合适的大小，调整图片出现的顺序

在需要的slide上加上想要的图形以及文字

每一张图片导出成png

convert

在服务器上用convert 转成gif

更改文件名：

for i in `ls|grep "PNG"`;do name=${i:3:7};new_name=`basename $name .PNG`;echo $i $new_name;mv $i $new_name.png;done;for a in `seq 1 9`;do mv $a.png 00$a.png;done;for b in `seq 10 99`;do mv $b.png 0$b.png;done

转gif

convert -delay 8 *.png 3cl_NFV.gif