MDAnalysis聚类

from MDAnalysis import Universe
import MDAnalysis.analysis.encore as encore
import MDAnalysis
from MDAnalysis.tests.datafiles import PSF, DCD2 #导入测试轨迹
ens1 = Universe(PSF, DCD2) #load轨迹
cluster_collection = encore.cluster(ens1) #轨迹聚类
with MDAnalysis.Writer("cluster.xtc", multiframe=True) as xtc:
    for ts in ens1.trajectory[cluster_collection.get_centroids()]: #取每个cluster的中心
        xtc.write(ens1) #将每一类的中心输出为轨迹