安装gcc,openmpi

conda create -n gcc_8_5 -c conda-forge gxx_linux-64=8.5.0 gcc_linux-64=8.5.0 sysroot_linux-64=2.17 python=3.8 openmpi
conda activate gcc_8_5


which gcc
# 会发现gcc版本没变
# /home/jawang/anaconda3/envs/gcc_8_5/bin/ 下找不到gcc ，需要创建软链接
# 85.1
ln -s /home/jawang/anaconda3/envs/gcc_8_5/libexec/gcc/x86_64-conda-linux-gnu/8.5.0/gcc /home/jawang/anaconda3/envs/gcc_8_5/bin/gcc


conda deactivate
conda activate gcc_8_5


gcc -v
which gcc
# gcc 版本已更新为8.5.0

安装cmake

# 先找一下服务器上有没有已经安装好的
locate cmake


# 方法一： conda (可能会因为包不兼容报错）
conda install anaconda::cmake


# 方法二： linux下cmake安装配置_linux cmake配置全局-CSDN博客

安装gmx2022

scp dddc@172.21.85.23:/home/databank/zzy/software/vsremd-2022.5/gromacs-2022.5.tar.gz ./
tar xvf gromacs-2022.5.tar.gz
cd gromacs-2022.5
mkdir build
cd build


### 编译
## -DGMX_SIMD参数的选择，看Installation guide — GROMACS 2022 documentation
## 用下面的命令可以看本机支持的版本，选择和安装指导中共有的参数即可
cat /proc/cpuinfo | grep flags


cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/dddc/zzy/software/gmx/gromacs-2022.5/install -DGMX_SIMD=SSE2 -DGMX_GPU=CUDA -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=on -DGMX_MPI=on


## 根据服务器空闲核数设置参数
make -j 20 
make install -j 20                                                                               

# 环境变量设置 
# gmx2022 
# 命令行输入以下命令
export PATH=/home/dddc/zzy/software/gmx/gromacs-2022.5/install/bin/:$PATH
export LD_LIBRARA_PATH=/home/dddc/zzy/software/gmx/gromacs-2022.5/install/lib:${LD_LIBRARY_PATH}
export LD_LIBRARY_PATH=/home/dddc/zzy/software/gcc/prefix/gcc-12.2.0/lib64/:${LD_LIBRARY_PATH}


# 测试
which gmx_mpi


# 若无误，将3行export写入自己的环境变量
cp ~/.bashrc ./gmx2022.sh


# 需要使用时，source该环境即可