配置GROMACS-2022.5

1. install gcc

1.1 下载压缩包

wget http://ftp.tsukuba.wide.ad.jp/software/gcc/releases/gcc-12.2.0/gcc-12.2.0.tar.gz
tar -zxvf gcc-12.2.0.tar.gz

1.2 下载安装依赖项

cd gcc-12.2.0
./contrib/download_prerequisites
cd ..

1.3 编译gcc

##建立 gcc-12.2.0-bulid 目录，在该目录中执行 gcc-12.2.0 目录中的 configure 命令，可在该目录中生成编译文件，不影响 gcc-12.2.0 源代码目录的文件结构。
## -prefix 后的路径可改为自己的
mkdir gcc-12.2.0-build
cd gcc-12.2.0-build
../gcc-12.2.0/configure  -prefix=/home/dddc/zzy/software/gcc/prefix/gcc-12.2.0 --enable-checking=release --enable-languages=c,c++ --disable-multilib
# 调用多少线程编译（这一步会运行较久）
make -j20 


make install
cd ..

1.4 配置环境

#设置环境变量
touch /home/dddc/zzy/software/gcc/gcc.sh
chmod 777 /home/dddc/zzy/software/gcc/gcc.sh 
echo -e '\nexport PATH=/home/dddc/zzy/software/gcc/prefix/gcc-12.2.0/bin:$PATH\n' >> /home/dddc/zzy/software/gcc/gcc.sh
source /home/dddc/zzy/software/gcc/gcc.sh

export C_INCLUDE_PATH=/home/dddc/zzy/software/gcc/prefix/gcc-12.2.0/include/:$C_INCLUDE_PATH
export CPLUS_INCLUDE_PATH=/home/dddc/zzy/software/gcc/prefix/gcc-12.2.0/include/:$CPLUS_INCLUDE_PATH

• 正常来说，c++应该还是12.2.0 ，但85.2 上只有11
• /usr/include/ 没权限进不去

#设置库文件
touch /home/dddc/zzy/software/gcc/gcc.conf
chmod 777 /home/dddc/zzy/software/gcc/gcc.conf 
echo -e "/home/dddc/zzy/software/gcc/prefix/gcc-12.2.0/lib64" >> /home/dddc/zzy/software/gcc/gcc.conf
#加载动态连接库
ldconfig -v
ldconfig -p |grep gcc

conda install gcc

conda create -n zzy
conda install conda-forge::gcc


which gcc
~/software/Anaconda_installed/envs/zzy/bin/gcc

cd /home/jawang/zzy/software
scp dddc@172.21.85.23:/home/databank/zzy/software/vsremd-2022.5/gromacs-2022.5.tar.gz ./
tar -zxvf gromacs-2022.5.tar.gz


cd gromacs-2022.5
mkdir build install

### 几个注意点：gcc 的路径要变成自己的，要编译成gmx2022.5能用的
### 还有 要注意在/home/databank/zzy/software/vsremd-2022.5/gromacs-2022.5/bulid 下执行cmake
cd build


cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/jawang/zzy/software/install -DGMX_SIMD=AVX2_256 -DGMX_GPU=CUDA -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_MPI=ON -D CMAKE_C_COMPILER=~/software/Anaconda_installed/envs/zzy/bin/gcc  -D CMAKE_CXX_COMPILER=/home/dddc/zzy/software/gcc/prefix/gcc-12.2.0/bin/g++


cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/jawang/zzy/software/install -DGMX_MPI=ON -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON -DGMX_GPU=CUDA   

make -j 100

make install

### 环境变量 按照2022.5 的格式写

## 测试
gmx_mpi mdrun -h