8sys cluster
使用每个体系的关键氨基酸二面角作为feather来聚类
10us 轨迹合并
为方便聚类，将8个体系优先合并为10us
- 75.2 /home/databank/MD_traj_dataset/D3PM/analysis/cluster_com_top1_redock_suceess/10us_pbc_trjcat
聚类
计划是使用每个体系的关键氨基酸二面角作为feather
要先去看每个体系apo/complex中最大差异氨基酸，看看用哪个二面角合适
- # 要检查关键氨基酸在MD轨迹中的真实index，要将tleap生成的pdb/gmx复制过来，和原始pdb对比
- 75.2 /home/databank/MD_traj_dataset/D3PM/analysis/cluster_com_top1_redock_suceess/pkt_feather/check_key_res
check 的流程如下：
- 检查晶体结构中apo/complex中关键氨基酸的默认二面角（C-CA-CB-CG）是否差异明显，足够表征它的取向（若可以，则可跳过步骤3）；
- 到 tleap输出的pdb里找这个氨基酸的index（这个氨基酸的构象应当与apo晶体结构完全叠合）；
- 到gmx.gro里检查氨基酸的原子名称，确定二面角原子；
- 信息录入index
- /home/databank/MD_traj_dataset/D3PM/analysis/cluster_com_top1_redock_suceess/pkt_feather/index
- 75.2 /home/databank/MD_traj_dataset/D3PM/analysis/cluster_com_top1_redock_suceess/pkt_feather
脚本实现了从index中读取体系信息：名称、文件路劲，关键氨基酸，二面角原子。
从而实现for循环依次提交任务
redock
- 75.2 /home/databank/MD_traj_dataset/D3PM/analysis/cluster_com_top1_redock_suceess/redock
运行脚本 do.sh，实现以下步骤：
- 将 apo crystal 进行redock，将结果与 配体晶体结构的rmsd，打分进行记录
- 将聚类结果复制到体系文件夹，命名格式为 apo_traj_repcX/raw/apo4-4YZ1/exp10_c0.pdb
- 在上级 目录 apo_traj_repcX 内创建体系文件夹，将聚类的蛋白结构叠合至apo 晶体结构上。结果为 apo_traj_repcX/apo4-4YZ1/aligned_exp1_c0.pdb
- 将 aligned_exp1_c0.pdb 作为受体，进行redock，记录配体晶体结构的rmsd，打分
文件如下：
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